Μετά την κατάληψη της Μιλήτου ο Αλέξανδρος κατέστη κυρίαρχος όλης της Αιολίδας και της Ιωνίας, δηλαδή των δύο Μικρασιατικών περιοχών με ισχυρό και πολυάριθμο Ελληνικό πληθυσμό. Στη συνέχεια θα εισέβαλλε στη Δωρίδα, η οποία αποτελούσε τμήμα της σατραπείας της Καρίας και όπου τα Ελληνικά αστικά κέντρα των παραλίων δεν ήταν τόσο ισχυρά, σε σχέση με τα βαρβαρικά αστικά κέντρα της ενδοχώρας. Ο Αλέξανδρος φόρτωσε τις πολεμικές μηχανές και τα τρόφιμα στα πλοία και τα έστειλε στην Αλικαρνασσό, προς την οποία κατευθύνθηκε με τις χερσαίες δυνάμεις του και από την οποία ξεκίνησε η πραγματική αντίσταση των Περσών.